Il giocatore, di nazionalità inglese, non era disponibile per la partita, in quanto stava recuperando da un infortunio al bicipite femorale.
James avrebbe affrontato l'arbitro Jarred Gillett dopo la deludente sconfitta dei Blues per 1-0 a Stamford Bridge, la terza in Premier League in questa stagione.
Il Chelsea è rimasto in 10 uomini nel secondo tempo della partita dopo che il difensore Malo Gusto è stato espulso al 58° minuto per gioco pericoloso.
Il VAR ha consigliato all'arbitro Gillett di rivedere l'incidente sul monitor a bordo campo che ha portato all'espulsione del francese.
La FA ha dichiarato: "Reece James è stato accusato di violazione della regola E3 della FA a seguito della partita di Premier League del Chelsea contro l'Aston Villa di domenica 24 settembre.
"Si presume che il difensore abbia usato parole e/o comportamenti impropri e/o insultanti e/o offensivi nei confronti di un ufficiale di gara nel tunnel dopo la partita".
Il 23enne terzino destro ha tempo fino al 29 settembre per rispondere all'accusa.
La sconfitta lascia il capo Mauricio Pochettino sotto una crescente pressione, con il Chelsea che langue al 14° posto e già a 13 punti di distanza dal Manchester City, leader del campionato.